Cell | 创设人类树突状细胞与辅助性T细胞相互作用模型

线粒形体-线粒形体彼此中外作用异常适合于，涵盖大量水分子与讯号途径，学界修习多年，仍旧是管中窥豹。来自巴黎PSL学术研究大学的Vassili Soumelis制作组于在Cell杂志上发表文章一本书A Quantitative Multivariate Model of Human DendriticCell-T Helper Cell Communication的文章，建起了检验与原理独创的学术研究原理，检验上，在蛋白质水平测定了线粒形体所排泄的线粒形体因子与应激反应；原理上，建起了讯号并行中外的联络和彼此中外作用父子关系。写作者以人类树突椭圆形线粒形体（Dendritic cell，简写DC）与辅助性T线粒形体（T Helper cell，简写Th）中外的彼此中外作用为学术研究都可，归纳了36可有DC关的的讯号水分子和17种Th排泄的线粒形体因子，并依靠这些数据建起数学仿真，演算出56种早已被检验猜测的线粒形体彼此中外父子关系，与此同时，还推断出290种显然父子关系，并猜测了IL-12p70可以通过IL-1讯号途径可借17型辅助性T线粒形体（简写Th17）。首先，写作者采集了人类单核线粒形体来源的DC（MoDCs）和泌尿系统血液循环CD11c+DC（bDCs）两类线粒形体，并诱因24每隔。所采用的诱因讯号主要包含三大类共计14种。第一种：内源讯号水分子，包含干扰素beta（interferon β，简写IFN-β），GM-CSF， TSLP和 PGE2；第二种：Toll样受形体的配基，包含Toll4受形体的激动剂脂多糖（ lipopolysaccharide，简写LPS），Toll1/2受形体激动剂PAM3CSK4，Dectin1激动剂Curdlan，Toll2/Dectin1激动剂 zymosan，Toll7/8受形体激动剂R848，Toll3受形体激动剂 poly(I：C) 和NLRP3增生小形体活化剂铝钾；第三种：细菌病毒，包含高温灭活的Candida albicans （简写HKCA），李斯特菌（Listeria monocytogenes，简写HKLM），Staphylococcus aureus （简写HKSA）， Streptococcus pneumoniae （简写HKSP）和流感病毒（influenza virus，简写flu）。接慢慢地，写作者通过流式线粒形体术等原理，测定了36种DC关的水分子的暗示情况下，其中，29种保持稳定线粒形体表面，7种保持稳定线粒形体排泄上清之中。结果显示，除了一些已知的DC线粒形体自发之外，写作者还有了一些新的推断出：（1）zymosan诱因的MoDCs 暗示专业性的CD54 和PVR；（2）流感病毒诱因的MoDCs可以可借ICOSL；（3）LPS诱因的MoDCs 可以可借专业性的CD30L和CD83。再慢慢地，写作者将这些诱因过的DC与T线粒形体上海交通大学6天，随后测定Th的增殖效率以及17种Th关的线粒形体因子的暗示排泄情况下。像是的是，写作者将Th和DC的体现彼此中外比较，推断出，这二者中外却是普遍存在一一对应的父子关系，也就是说，两种诱因物对DC产生的效果类似，但是，这两种诱因物所解决问题的DC与T线粒形体上海交通大学之后，产生的效果很可以截然不同。接着，写作者采用生物信息学的原理，以上述检验数据建起仿真。简单来说，写作者先导DC输出的36种讯号水分子和Th输出的17种效应水分子，将两两中外的父子关系简化为“可借转录”和“负向转录”两种，并且，还加入数据库和已发表文章文献中的信息，建起了适合于的讯号转录网络。可有如，通过这一仿真，写作者推断出， IL-10的负向转录水分子包含OX40L， 4-1BBL， IL-12， TNF-α， CD58， VISTA，Galectin-3， CD80， CD29， IL-1， ICAM-3， SLAMF3， IL-28a和CD83，而可借转录水分子包含Jagged-2， PDL1， IL-10， CD11a， HLA-DR， ICOSL， CD100， CD30L， CD18， ICAM-2和CD86，这样，给予DC不同的诱因讯号，写作者就可以推断出Th自发线粒形体IL-10的暗示排泄情况下。仍要，写作者利用这样仿真，试图推断并猜测新的线粒形体彼此中外父子关系。通过建起的仿真，写作者推断出，IL-12在与IL-1， ICAM-2或者Jagged-2共同排泄时，极端于转录IL-17F，而与CD70， IL-23或者 LIGHT 共同注意到时，则更极端于转录IL-17A。另外，敲除IL-12，IL-17A和IL-17F的暗示水平都显著减低。这些结果明确指出，IL-12参与Th17的可借分化。为了进一步探讨IL-12可借Th17的机制，写作者采用形体外可借Th的仿真，推断出，IL-12却是能同样可借Th17，但是，同时加入IL-1和IL-12，Th17就可借出来了。这是一篇检验与原理独创的经典作品。检验结果与计算构建彼此中外支持，彼此中外指导，相辅相成。如下图右图，检验均采用了密切关联两均数据，一是何种诱因下DC线粒形体的自发，二是自发后的DC对T线粒形体的作用。原理均以DC和T线粒形体的输出线粒形体因子为核心，建起了线粒形体因子中外的可借和负向转录网络仿真。通过这一仿真，写作者预测出一些新的线粒形体外彼此中外父子关系，事与愿违再用检验猜测这些父子关系是不是属实。这一本书的；还有有两处，一是建起和检验原理独创学术研究的范本，二是文章中备有的诸多线粒形体转录信息以供学术研究参考。原始出处：Grandclaudon M1, Perrot-Dockès M2, Trichot C1, et al.A Quantitative Multivariate Model of Human Dendritic Cell-T Helper Cell Communication.Cell. 2019 Oct 3;179(2):432-447.e21. doi: 10.1016/j.cell.2019.09.012.